Abstract This study is to identify some mutations in exons 23, 24, 26 A+B, and 26 A of the factor VIII gene that causes hemophilia A among Libyan patients. Forty-three patients (40 males, 3 females), 10 carrier, and 10 control (8 males, 2 females) were enrolled in this study. The total number were 63 samples for each exon. Blood samples were collected from Libyan patients (Department of Paediatric Hematology, Tripoli Medical Center), and kept in freezer at -20 Cº. The blood samples were transported to DNA laboratory in the Genetic Engineering Department and Human Tissues Department Biotechnology Research Center, Twesha- Libya. Genomic DNA was extracted from whole blood and DNA was visualized by Agarose Gel Electrophoresis, and DNA concentration was measured by Spectrophotometer. DNA was amplified by polymerase chain reaction (PCR) technique. Mutations were identified by restriction enzymes Taq I and Xba I. Taq I was used to detect nonsense mutations in Exon 23, 2147 [ Arg Stop codon (Term)], Exon 24, 2209 [ Arg Stop codon (Term)], and Exon 26 A+B, 2307 [ Arg Stop codon (Term)]. Our result showed no mutations were detected by using restriction enzyme Taq I in Exons 23, codon 2147, Exon 24, codon 2209, and Exon 26A+B, codon 2307. But by using restriction enzyme Xba I, we found six insertion mutations in Exon 26A, 3919 (ins GA) 11.3 % of 53 patients, and two partial deletion mutations in Exon 23 (3.8 % of 53 patients) refer to area failed to be amplified by PCR.
نادية نور الدين الصربوط (2010)

هذه الدراسة تهتم بالتغيرات الوظيفية فى جين مستقبلات البروتين الذهني منخفض الكثافة الضار، (LDL-R gene) حيت يعتبر هو الجين المرشح لمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي، إذا يؤثر بشكل مباشر على كمية البروتين الدهني منخفض الكثافة الضار ومستويات الكولسترول في الدم. الغرض من هذه الدراسة الكشف عن الطفرات في جين مستقبلات البروتين الدهني منخفض الكثافة الضار بين المرضى الليبيين المصابين بارتفاع كولسترول الدم متباين اللاقحة (HeFH)، الذين كانوا يترددون على مركز القلب ومستشفى السكري في طرابلس. يعتبر هذا البحث الأول من نوعه للكشف عن هدا النوع من الطفرات المسبب لهدا المرض  في ليبيا.قد ثم الوصول لأهداف البحث باستخدام تقنية PCR)): سلسلة البوليميريز متعددة أشكال النوكليوتيدات باستخدام شريط مفرد من المادة الوراثية (PCR-SSCP), للكشف عن عيوب الربط  في مستقبلات  البروتين الدهني منخفض الكثافة في أكسون12  على الكرموسوم 19 لبعض المرضى المحتمل إصابتهم والتي يعتقد أنها مسئولة عن ظهور متلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي .وقد أجري تحليل الحمض النووي (DNA analysis) لتحديد الاختلافات في  تسلسل المادة الوراثية لدى المرضى الذين يعانون من النوع-1 لارتفاع كولسترول الدم العائلي متباين الاقحة . علاوة على ذلك، تم تصميم هذه الدراسة لمعرفة تأثير العوامل الوراثية والجينية التي قد تسهم في زيادة وتيرة المرض.أجريت هذه الدراسة على 350 مريضا" بارتفاع كوليستيرول الدم، منهم 15 مريضا محتمل إصابتهم بمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي متباين الاقحة. حددت النتائج 3 مرضى مصابين بمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي، كما ثم تحديد المتغيرين؛ عيوب الربط (1845+11G>C) وتعدد الأشكال T) 1773 C>). كذلك كشف تحليل تسلسل الحامض النووي عن وجود سبعة متغيرات، متعدد أشكال نوكليوتيدي  واحد T) 1773 C>)،  وستة طفرات : (1786C>G*, 1792T>A, 1804C>G*, 1826C>G*, 1827C>G, 1832C>G) ثلاث طفرات منهم هي جديدة لا توجد إلا في المرضى الليبيين .وكانت الدلالة الإحصائية لنسبة الإصابة بمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي المتباين الاقحة ( (HeFH عند المرضى الليبيين ( (0.86 %, ذات قيمة >0.05 .و تعتبر هده النسبة مرتفعة جدا" وفقا لمعايير التشخيص السريري لأرتفاع كولسترول الدم العائلي متباين الاقحة.علاوة على ذلك، أظهرت نتائج التحاليل الكيميائية الحيوية فرقا ''كبيرا (1%) " بين مستويات الكولسترول المنخفض الكثافة الضار ونوع الجنس. اختبار الارتباط بين مستويات الكولسترول المنخفض الكثافة والسن عند للإناث  (+0.7) يشير إلى وجود علاقة إيجابية قوية.  بينما تشير النتائج في الذكور إلى وجود علاقة عكسية معتدلة. (- 0.5) كما إن اختبار الارتباط بين مستويات كولسترول الدم المنخفض الكثافة وعادة التدخين للمرضى الذكور (+0.6) تدل على وجود علاقة إيجابية قوية، وكذلك بين مستويات الكولسترول الإجمالية والبدانة (مؤشر كتلة الجسم) لجميع المرضى (+0.9).خلصت الدراسة إلى أن تلك الطفرات في أكسون12 على جين مستقبلات البروتين الدهني منخفض الكثافة قد تلعب دوراً هاما في زيادة قابلية الإصابة بمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي متباين اللاقحة النوع-1. وهذا ربما يرجع إلى التحولات النسبية الموجودة على منطقة الترميز في جين مستقبلات البروتين الذهني منخفض الكثافة الضار، الذي يؤثر على بنية ووظيفة البروتين الذي ربما يؤدي لانخفاض ارتباط البروتين الذهني منخفض الكثافة الناقل للكولسترول مع المستقبلات التي قد تسبب ضعف التصنيع الحيوي للمستقبلات. في جميع الحالات، فإن العوامل الوراثية مثل العمر والجنس والزواج بين الأقارب، وبعض الأمراض الوراثية ونمط الحياة مثل التدخين والنظام الغذائي والقدرة الرياضية  هي أهم عوامل خطر ارتفاع كولسترول الدم في كلا الجنسين  وفي جميع الأعمار.في الختام، فإن البيانات الموجودة في هذه الدراسة توفر معلومات أولية عن نوع الحالات لمتلازمة ارتفاع كولسترول الدم العائلي في ليبيا، حيث وجود طفرات في مستقبلات البروتين الذهني منخفض الكثافة في الأكسون12  على الكروموسوم 19 يشير إلى احتمالية وجود طفرات أخرى في أكسونات أو كروموسومات أخرى لم تدرس بعد في ليبييا. ولذلك، تحتاج هذه النتائج إلى دراسة أعمق، وهناك حاجة ملحة إلى مزيد من تحقيقات الأبحاث الجينية، وأجراء مزيد من التحاليل للمتغيرات الأخرى الموجودة في الأكسونات المتبقية في جين مستقبلات البروتين الذهني منخفض الكثافة الضار والتى قد تؤدي إلى اكتشاف وجود طفرات أخرى داخل الكروموسومات الأخرى. كدلك تحديد أي نوع من الطفرات الحالية بين المرضى الليبين التي ربما تكون مسئولة عن ظهور متلازمة إرتفاع كولسترول الدم. أخيرا، هناك حاجة لى الشروع في برامج فعالة وموثوق بها لدراسة تأثير زواج الأقارب على زيادة وانتشار الأمراض القابلة للتوريث. بالإمكان تحقيق ذلك من خلال إنشاء مراكز البحوث الجينية الجيدة لدراسة هذه الاضطرابات الوراثية وتحديد الأسباب وربما الشفاء منها. Abstract The research is concerned with the study of the changes in the functional status of low density lipoprotein receptor (LDL-R) gene. This gene is a candidate gene for familial hypercholesterolemia (FH) syndrome that directly affects the amount of total cholesterol and LDL-cholesterol levels. The purpose of this study was to detect the LDL-R gene mutations among Libyans patients with heterozygous FH (HeFH), attending Tajjora Cardiac Center and Diabetic Hospital in Tripoli. The present research is considered to be the first mutational investigations in Libyan.The genetic analysis were done using polymerases chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) based on DNA technique, to detect the splicing defects on the exon12 of LDL-R gene at chromosome 19 of some tested patients who are thought to be responsible for the onset of FH. DNA analysis was conducted to identify the sequence variations in patients with type-1 (HeFH). Furthermore, this study is designed to find out the genetic effect and some risk factors which might contribute to the increase of the frequency of this disease.The study had been carried out on 350 hypercholesterolemic patients, 15 of them possibly affected with Heterozygous FH. The results of this study identified 3 HeFH patients, and showed two variants; the splicing defects (1845+11C>G) and the polymorphism (1773C>T). DNA sequencing analysis revealed the existence of seven variants; one single nucleotide polymorphism (1773C>T), and six mutations as follows: (1786C>G*,1792T>A, 1804C>G*, 1826C>G*, 1827C>G, 1832C>G), three of these mutations are new found only in Libyan population. The frequency of HeFH Libyans patients was (0.86%), the significant of statistical analysis was p-value> 0.05. It is considered to be high according to clinical diagnostic criteria.Furthermore, the biochemical analysis results showed a significant difference (1%) between LDL-C levels and gender. The correlation test between the levels of LDL-C and age for females was (+0.7) indicates a strong positive correlation, While in males it indicates a moderateinverse relationship (-0.5). The correlation between LDL-C levels and smoking habit of male patients was (+0.6) indicating a strong positive relationship, as well as between the total-cholesterol levels and obesity (body mass index) of all patients (+0.9). This study indicated that mutations of LDL-R exon 12 may play important roles in increasing the susceptibility of FH. This is probably due to the relative mutations located on the coding region of LDL-R gene, which affects the structure and function of the protein, causing the decrease of affinity of the receptors for LDL-molecules and may cause the impairer of the receptors biosynthesis. In all cases, the genetic predisposition such as age, sex, marriage in relatives, some hereditary disease, life style such as smoking, dietary habitat and sport ability are the most risk factors for hypercholesterolemia in both sexes and at all ages.In conclusion, the data in this study provides preliminary information about the type-I FH cases in Libyan. The presence of mutations in the exon 12 of LDL-R gene on chromosome 19 suggests the possible presence of other mutations on other exons of LDL-R gene or other chromosomes, which have not been yet, studied in the Libyans patients. Therefore, these results need to be studied, and further genetic research investigation of other variants in the remained exons of LDL-R gene which may lead to the discovery of other mutation/s within other chromosomes. Determine which kind of mutations present among Libyan patients, which are possibly responsible for the onset of FH. Finally, there is a need to initiate an efficient and reliable program to study the effect of related marriages on the increase and spread of inheritable diseases. This can be accomplished by the establishment of a good genetic research centers to study these hereditary disorders and identify the causes and possibly the cure.
سمية أحمد علي الحداد (2011)

سرطان الثدي من أكثر الأمراض خبثا، ويعتبر المسبب الأساسي للوفاة بين النساء بعد سرطان الرئة. وهو من أكثر الأمراض انتشارا بين النساء بعد سرطان الجلد. والهدف من هذه الدراسة هو التعرف على احتمال وجود الطفرتين 185delAG و5382insCلمورثة سرطان الثدي1 (BRCA1) بين 77 سيدة ليبية من اللواتي يترددن على عيادة الثدي-بقسم الجراحة – المستشفى المركزي-طرابلس – ليبيا. والحالات المختارة كانت: 32 حالة مشخصة بسرطان الثدي و8 حالات من المصابات بأمراض حميدة بالثدي , 24 حالة من أقارب المريضات بسرطان الثدي، و13 سيدة غير مصابة بسرطان الثدي كمجموعة السيطرة. تم سحب خمسة مليليتر من الدم من كل امرأة ، وجمعت في أنابيب تحتوي على مادة مانعة للتجلط الدم (EDTA) وحفظت في المجمد في (-20ºC) ، نقلت عينات الدم إلى معامل الأحماض النووية لقسم الأنسجة البشرية وقسم الهندسة الوراثية – مركز بحوث التقنيات الحيوية – طويشة – ليبيا ، لأجل دراسة الحمض النووي ، باستخدام سلسلة تفاعل إنزيم متعدد البلمرة (Polymerase Chain Reaction (PCR)) لكشف الطفرات بواسطة سلسلة تفاعل إنزيم متعدد البلمرة مفصولة الطفرات )((MS-PCR Mutagenically Separated PCR) لتضخيم exons الطبيعية و exons المطفرة وذلك بواسطة بوادئ ((Primers خاصة لتشخيص الطفرات , إذا عُثر على الطفرة في أحد exons سيكون هناك حزمتان ((band باستخدام الترحيل الكهربي الهلامي (Agarose gel Electrophoresis) لاكتشاف الطفرات في exons2 و20. نحن وُصِلنَا إلى الهدفِ في هذه الدراسةِ، لمعْرِفة الوجودِ أَو عدمِ الوجود لطفراتْ delAG185 و5382insC في مورثة BRCA1 بين الإناث الليبياتِ، اللواتي يترددن على عيادةَ الثدي-قسم الجراحةِ-مستشفى المركزي-طرابلس-ليبيا؛ كَانَ كالتّالي: -الطفرة 185delAG كَانَت موجودة في 52 من أصل 77 (67.5 %) مِنْ العينات المدروسة، والطفرة 5382insC كَانَت غائبَة في هذه الدراسةِ، حيث العينات لَها حزمة واحدة (تكون حزمة طبيعيةَ) بينما العيناتَ لَها حزمتان (تكون حزمة واحدة طبيعيةَ والحزمة الأخرى غير طبيعية). وفي الخلاصة، نَتائِجنا كانت مشابهة لنَتائِجِ الدِراساتِ الأخرى، حيث تُساعدُ معرفةَ وجودِ الطفرات في التشخيصِ المبكّرِ وهذه تَزِيدُ معدل بقاء على قيد الحياة للنِساءِ للمصابات بسرطان الثدي. Abstract Breast cancer is more the malignancies diseases, and is the primary cause of death among women after lung cancer; is the most spread diseases among women with the exception of skin cancer. The aim of this study is to identify the presence of mutations 185delAG and 5382insC for BRCA1gene in 77 Libyan females attending the breast clinic, Surgery Department, Central Hospital, Tripoli - Libya. The selected cases were: 32 cases diagnosed with breast cancer and 8 cases of women with benign breast disease, 24 cases of relatives of patients with breast cancer, and 13 women without breast cancer as control. Five milliliters of blood were drawn from each woman, and collected in tubes containing EDTA anticoagulant and kept in freezer (-20ºC). The blood samples were transported to DNA laboratory for the Human's Tissues Department and the Genetic Engineering Department- Biotechnology Research Centre-Twesha - Libya, for DNA study; using Polymerase Chain Reaction (PCR); to detect mutations by Mutagenically Separated PCR (MS -PCR), to amplify the normal exons and mutant exons by specific primers for diagnosis of these mutations; if the mutation was found in one of the exons; there will be two bands by use Agarose gel Electrophoresis to detect mutations in exons 2 and 20.We have been reached to the aim this study, for knowing the existence or non-existence of two mutations,185delAG and 5382insC in BRCA1 gene among Libyan females attending the breast clinic, Surgery Department, Central Hospital, Tripoli-Libya; were as follows:- the 185delAG mutation was present in 52 out of 77 (67.5%) of studied samples, and 5382insC mutation was absent in this study, where samples have one band (are normal band) while samples have two bands ( are normal band & another band abnormal). In conclusion, our results were similar to the results of other studies, where knowledge of the existence of mutations helps in early diagnosis and this increases the survival rate for women with breast cancer.
أمل عبد السلام الصربوط (2011)